A CENIBRA busca definir materiais genéticos (clones) mais adequados às condições ecológicas da região. A definição de clones é o resultado do melhoramento contínuo do material básico definido em consonância com as finalidades de utilização prevista da matéria-prima.

É necessário também criar uma fonte segura de abastecimento de material reprodutivo (sementes ou propágulos) com o melhor grau possível de superioridade para as características de adaptação, produtividade e qualidade tecnológica.

Outra finalidade do melhoramento genético é adaptar a utilização de modernas metodologias e ferramentas de análises para garantir o avanço e o sucesso dos processos florestais, como biotecnologia aplicada à propagação vegetativa, genética quantitativa, genômica e gerenciamento de germoplasma.